Le caratteristiche dell’ambiente marino attorno all’isola di Malpelo sono fortemente influenzate dalle correnti che percorrono la zona. Grazie ad esse, varie specie provenienti dall’Indo-Pacifico e da altre zone del Pacifico Orientale Tropicale, trovano in Malpelo un ambiente adatto per stabilirsi e allo stesso tempo un trampolino di dispersione. Malpelo è così un posto importante di riproduzione, dispersione e reclutamento di specie marine.
L’ambiente subacqueo può essere diviso in vari ecosistemi, vediamo quali:

Ecosistema delle pareti verticali
Le pareti rocciose di Malpelo e dei suoi faraglioni hanno generalmente una caduta scoscesa fino alla profondità di 60 mt. Nei primi metri le pareti sono dominate dai denti di cane, dei quali la maggior parte è senza vita, fenomeno sicuramente dovuto all’alimentazione di molluschi e stelle marine. In ogni caso questi denti di cane vuoti forniscono un habitat ad un’altra serie di organismi come policheti, molluschi, crostacei e pesci. Le pareti verticali sono altresì un substrato per idroidi, tunicati, spugne, alcionari e coralli.

Ecosistema delle comunità coralline associate all'ecosistema di corallo e roccia
Anche se la maggioranza delle pareti basaltiche verticali sommerse di Malpelo precipita in maniera scoscesa, esistono alcune zone che presentano terrazze sottomarine, ubicate sotto l’azione delle onde e dove la caduta delle pareti è meno accentuata. La più conosciuta di queste terrazze, ubicata al nord est dell’isola, è conosciuta come “El Arrecife”. Qui lo sviluppo delle comunità coralline di Malpelo è stato più abbondante, esteso e compatto.
Altri posti conosciuti dai sub dove si possono osservare coralli compatti sono la “Nevera”, la “Pared del Naufrago” e “Bajo da Junior”. In queste zone circa il 50% delle specie di pesci e invertebrati non hanno alcun tipo di relazione con i coralli, i quali secernono strutture scheletriche esterne che servono da substrato di protezione, rifugio e/o alimento per i pesci e gli invertebrati.

Ecosistemi Oceanici - Pelagici
L’isola di Malpelo ha la funzione di un’oasi in un deserto per una gran quantità di specie pelagiche, com’è il caso degli squali seta (Carcharinus falciformis), gli squali martello (Sphyrna lewini), i tonni, i mammiferi marini e le tartarughe.
Le comunità marine stanziali dell’isola garantiscono alla fauna pelagica itinerante un alimento oltremodo abbondante. Molte specie pelagiche, se non tutte quelle di questa zona del Pacifico, sono presenti attorno a Malpelo.
La biomassa presente è così importante che ha permesso la stabilizzazione di un gruppo di grandi delfini della specie Tursiops truncatus. Quantità importanti di ricciole (Seriola rivoliana) e di carango arcobaleno o serioline (Elagatis bipinnulatis) sono presenti tutto l’anno; queste due specie sono considerate come tra i più temibili predatori di altre specie in età giovanile.
I carangi pinne blu (Caranx melampygus), i carangi nero (Caranx lugubris) ed i bonito (Sarda orientalis) si trovano anch’essi in grandi banchi, mentre cacciano attorno all’isola piccoli pesci.
Varie specie di squali, come ad esempio gli squali martello (Sphyrna lewini), gli squali delle Galapagos (Carcharinus galapagensis) e gli squali seta (Carcharinus falciformis) si raggruppano durante il giorno attorno all’isola, non solo per alimentarsi ma anche per eliminare i parassiti. In effetti si sono riscontrate alcune zone utilizzate come stazioni di pulizia, realizzate principalmente dai pesci farfalla (Johnrandallia nigrirostris), dai pesci angelo reali (Holocanthus passer) e da alcune specie di labridi giovanili (Bodianus diplotaenia).

Ecosistema di sabbia e detriti
In queste zone si trovano una gran quantità di specie di stelle marine, di molluschi e pesci di alto valore biologico, considerate tali per il fatto di essere endemiche della regione o dell’area. Oltretutto varie specie di pesci e molluschi che abitano questo ecosistema fanno parte della fonte di alimento anche per gli squali martello e le razze nelle fasce giovanili.



Ecosistema di tunnel e grotte
Le grotte e le caverne sono pericolose per i subacquei e solamente alcuni tunnel sono accessibili per la visita, visto che spesso ci sono forti correnti a presenziare in queste acque. Le pareti delle grotte e delle caverne sono generalmente lisce e sono abitate da poche specie di pesci ed altri organismi. Al contrario le pareti dei tunnel, il cui fondo è composto da sabbia e detriti, sono piene di vita.